Die Koordinierung der Gewässerbewirtschaftung nach EG-WRRL erfolgt in Rheinland-Pfalz durch das Ministerium für Klimaschutz, Umwelt, Energie und Mobilität (MKUEM) als oberste Wasserbehörde des Landes.

Nachgeordnete Wasserbehörden sind die Struktur- und Genehmigungsdirektionen Nord und Süd (obere Wasserbehörden) und die Kreisverwaltungen und Verwaltungen der kreisfreien Städte (untere Wasserbehörden).

Zuständige Fachbehörden sind das Landesamt für Umwelt (LfU) sowie das Landesamt für Geologie und Bergbau.

Die EG-WRRL bildet die Rechtsgrundlage für eine umfassende Koordinierung und Abstimmung innerhalb einer gesamten internationalen FGE.

Diese Koordinierung und Abstimmung bezieht sich auf die kohärente Abfassung des internationalen Berichts für die FGE Rhein und der Berichte der Staaten an die Europäische Kommission, die Erstellung eines koordinierten Bewirtschaftungsplanes für die FGE Rhein und die Ausarbeitung koordinierter Maßnahmenprogramme.

In diesem Sinne haben die für den Schutz der Gewässer in der FGE Rhein zuständigen Ministerinnen und Minister der Rheinanliegerstaaten sowie das zuständige Mitglied der Europäischen Kommission in der Ministerkonferenz am 29. Januar 2001 in Straßburg entschieden, die auf der Ebene der gesamten FGE Rhein erforderlichen Arbeiten zu koordinieren, um eine kohärente Anwendung der EG-WRRL zu erreichen und einen internationalen Bewirtschaftungsplan für die FGE Rhein aufstellen zu können.

Ein Koordinierungskomitee, bestehend aus Vertretern der Regierungen der Rheinanliegerstaaten und der Europäischen Gemeinschaft (Wasserdirektoren), für die Bundesrepublik Deutschland auch Vertreter der Bundesländer, wurde mit der Koordinierung dieser Aufgaben beauftragt.

Das Sekretariat der Internationalen Kommission zum Schutz des Rheins (IKSR) unterstützt das Koordinierungskomitee Rhein bei der Wahrnehmung dieser Aufgaben.

Anlässlich seiner Sitzung in Luxemburg am 4. Juli 2001 hat das Koordinierungskomitee Rhein aufgrund der Größe und Komplexität der FGE beschlossen, den Bewirtschaftungsplan für die internationale FGE Rhein in einen übergeordneten Teil A und insgesamt 9 detaillierte Berichte für einzelne Bearbeitungsgebiete (BAG), Teile B, zu strukturieren.

Die 9 überwiegend internationalen Bearbeitungsgebiete wurden nach naturräumlichen Gegebenheiten abgegrenzt. Rheinland-Pfalz hat Anteil an den Bearbeitungsgebieten Oberrhein, Mittelrhein, Mosel-Saar und Niederrhein.

Die Teile A und B des internationalen Bewirtschaftungsplans der FGE Rhein, der an die Europäische Kommission (KOM) zu berichten ist, bilden eine Einheit. Während der Teil A (übergeordneter Teil) einer Koordinierung zwischen allen in der internationalen FGE liegenden Anrainerstaaten bzw. Ländern/Regionen bedarf, werden die Teilberichte (Teile B) für die einzelnen BAG zwischen den im jeweiligen BAG liegenden Staaten bzw. Ländern/Regionen unmittelbar abgestimmt. Der Teil A beinhaltet die für die Bewirtschaftung der FGE Rhein-relevanten übergeordneten Aspekte.

Die Berichte der Bearbeitungsgebiete folgen einer im Koordinierungskomitee Rhein abgestimmten einheitlichen Gliederung einschließlich von Mindestanforderungen an Art und Detaillierungsgrad der Darstellung.

Teil A und Teile B sind soweit aufeinander abgestimmt und durch Verweise miteinander verzahnt, dass ein kohärenter Gesamtbericht vorliegt. In einer Referenzliste werden die wesentlichen Datenquellen sowie die öffentlich zugänglichen detaillierten Dokumentationen und Berichte der verschiedenen zuständigen Behörden und Kommissionen aufgeführt, was den Zugang zu den verwendeten Daten und Informationen erleichtert.

Die Berichte zur Bestandsaufnahme nach EG-WRRL für die internationale FGE Rhein wurden nach Zustellung an die Europäische Kommission durch die EU-Mitgliedstaaten bereits ab April 2005 veröffentlicht.

Der mittlerweile dritte international koordinierte Bewirtschaftungsplan für die internationale FGE Rhein für den Zeitraum 2022-2027 wurde am 22. März 2022 veröffentlicht und steht auf der Seite der FGE Rhein zum Download zur Verfügung.